《帝国时代3》原版战役一反前作宏大历史叙事的风格，改为叙述一个普通欧洲家族来到新大陆后的生活和经历，以和一个虚构的寻宝集团藏骨集团的斗争为主线。游戏在探险故事中插入了些许历史史实，比如第一关奥斯曼土耳其历史上就曾经进攻过马耳他骑士团国，而且最后在西欧国家的帮助之下保住了马耳他岛。还穿插了英法的七年战争，玻利瓦尔起义等等
特色系统
卡片
该作中最大的创新之处就在于加入了主城卡片支援系统和贸易站。主城系统就是运用卡片进行额外支援的一个系统，玩家可以通过战斗和采集资源等各种方式生产经验值，达到一定值后就可以得到一次卡片支援的机会。
探索
作为帝国时代系列的第三部，帝国时代3将目光放在了从1500到1850年这段时间，也就是“帝王时代”到“工业革命”之间。哥伦布的伟大航行促成了新旧大陆之间的融合，当然，完成这个过程的是欧洲殖民者带来的宗教、火器与杀戮。玩家的目标是率领欧洲八股殖民势力中的一个，从美洲登陆，征服美洲。
作为神秘大陆的殖民者，玩家的任务是率领自己的军队去探索。除常规的剧情模式外，游戏提供了全新的征服模式。在选择民族之后，玩家将以殖民地为大本营向任何蕴藏财富的土地扩张，所有的战斗都是直观的。这个模式下的内政并不复杂，游戏加入了“主城”（家乡城市）概念，“主城”就是宗主国的首都，玩家可以利用它来研发新的科技，每场战斗结束后都会获得从宗主国运送来的补给品，前提是战斗的胜利。根据玩家的资源搜集、杀敌、领土扩张情况，玩家会获得一定的经验值，届时“主城”可以自我升级，升级后的“主城”能够提供更高等级的研发项目。征服模式下的“主城”最多可以升到131级。
战火
《帝国时代3》强调阵型的运用，战场从混乱的散兵队列变成了数支方阵之间的较量，玩家依然可以用混编的老办法来战斗，但这样所带来的结果是致命的。兵种特性的互补是帝国时代3所倡导的全新游戏方式。新引擎能够实现坡面的真实物理作用，玩家可以利用坡面躲避对方直射火炮的覆盖，或者隐藏自己，炮兵也可以利用地形发挥更大的优势。在以往作品中，炮兵更多是在攻城战中使用，野战中它所杀死敌人往往比误伤的自己人多不了多少，本作中的炮兵的射程很远，并且不会出现误伤情况。
游戏对操控有了很多改进。当选中一个部队时，屏幕右下方会出现该部队的几种作战模式（近战肉搏，交叉掩护，岗哨守卫，远距攻击等），便于玩家对于多兵种的指挥和调度。
“主城”概念在对战模式中依然存在，本作取消了伐木厂、采矿厂等常规RTS游戏中的必备生产元素，取而代之的是一个主城界面，科技的研发、升级都是在其中完成的，这限制了兵海战术的使用。也正是因为这个原因，高等级的“主城”并非会让胜利的天平朝玩家倾斜，玩家对兵种的调度才是决定性因素。
